Pořadatel
Promotor je regulační oblast DNA nacházející se proti proudu (směrem k 5' oblasti) genu, poskytující kontrolní bod pro regulovanou transkripci genu.
Promotor obsahuje specifické sekvence DNA, které jsou rozpoznány proteiny známými jako transkripční faktory. Tyto faktory se vážou na promotorové sekvence, nabírají RNA polymerázu, enzym, který syntetizuje RNA z kódující oblasti genu.
Promotéři představují kritické prvky, které mohou pracovat ve shodě s ostatními regulačními oblastmi (zesilovače, tlumiče, hraniční prvky/izolátory) a řídit úroveň transkripce daného genu.
Mohlo by vás zajímat: Pořadatel (varianta role)
Identifikace relativní polohy
Vzhledem k tomu, že promotory jsou typicky bezprostředně sousedící s daným genem, pozice v promotoru jsou označeny vzhledem k transkripčnímu výchozímu místu, kde začíná transkripce RNA pro určitý gen (tj. pozice proti proudu jsou záporná čísla počítající zpět od -1, například -100 je pozice 100 párů bází proti proudu).
Eukaryotické promotory jsou extrémně různorodé a je obtížné je charakterizovat. Obvykle leží proti proudu genu a mohou mít regulační prvky několik kilobaz od místa transkripce. U eukaryot může transkripční komplex způsobit, že se DNA ohne zpět do sebe, což umožňuje umístění regulačních sekvencí daleko od skutečného místa transkripce. Mnoho eukaryotických promotorů, ale zdaleka ne všechny, obsahují TATA box (sekvence TATAAA), který zase váže TATA vazebný protein, který pomáhá při tvorbě RNA polymerázového transkripčního komplexu. TATA box obvykle leží velmi blízko místa transkripce (často v rámci 50 bází).
Regulační sekvence eukaryotického promotoru obvykle vážou proteiny zvané transkripční faktory, které se podílejí na tvorbě transkripčního komplexu. Příkladem je E-box (sekvence CACGTG), který váže transkripční faktory v rodině bHLH (např. BMAL1-Clock, cMyc).
Pro usnadnění detekce promotorů v genomové sekvenci byla vyvinuta široká škála algoritmů a predikce promotorů je společným prvkem mnoha metod genové predikce.
Zásadní otázkou v evoluční biologii je, jak důležité je pohrávání si s promotorovými sekvencemi pro evoluční změnu, například změny, které nastaly v lidské linii po oddělení od šimpanzů.
Někteří evoluční biologové, například Allan Wilson, navrhli, že evoluce v promotorových nebo regulačních oblastech může být důležitější než změny v kódovacích sekvencích v takových časových rámcích.
Vazba promotorové sekvence (P) na komplex sigma factor-RNAP (R) je dvoustupňový proces:
Nemoci spojené s funkcí aberantního promotoru
Toto je seznam nemocí, u kterých je prokázáno, že mají určitý podíl na promotorové poruše, a to buď přímou mutací promotorové sekvence nebo mutací v transkripčním faktoru nebo transkripčním koaktivátoru.
Mějte na paměti, že většina onemocnění je v etiologii heterogenních, což znamená, že jednou „nemocí“ je často mnoho různých onemocnění na molekulární úrovni, i když projevené příznaky a reakce na léčbu mohou být identické. Jak různě reagují onemocnění na léčbu v důsledku rozdílů v základním molekulárním původu, je částečně řešeno oborem farmakogenomika.
Není zde uvedeno mnoho druhů nádorů, které zahrnují aberantní změny v transkripční regulaci v důsledku tvorby chimérických genů prostřednictvím patologické chromozomální translokace.
Kanonické sekvence a divoký typ
Použití kanonické sekvence pro promotor je často problematické a může vést k nedorozuměním ohledně promotorových sekvencí. Kanonická znamená dokonalá, v jistém smyslu.
V případě vazebného místa transkripčního faktoru pak může existovat jediná sekvence, která váže protein nejsilněji za specifikovaných buněčných podmínek. To by se dalo nazvat kanonickým.
Přirozený výběr však může upřednostňovat méně energetickou vazbu jako způsob regulace transkripčního výstupu. V tomto případě můžeme nazvat nejběžnější sekvenci v populaci, sekvenci divokého typu. Nemusí to být ani nejvýhodnější sekvence za převládajících podmínek.
Nedávné důkazy také naznačují, že několik genů (včetně protoonkogenu c-myc) má motivy G-kvadruplexu jako potenciální regulační signály.
Nemoci spojené s promotorovými prvky
Pro splnění pokynů Psychology Wiki'sstyle a v souladu s našimi zásadami ohledně NPOV a ověřitelnosti, prosím poskytněte příslušné citace a/nebo poznámky pod čarou.